福建君子峰國家級自然保護區位于福建省三明市明溪縣，始建于1995年。2003年，經福建省人民政府批準2008年1月，經國務院批準，它被提升為國家級自然保護區。保護區總面積為18060平方米.5公頃，其中核心區7497.6公頃，緩沖區面積4035.8公頃，實驗面積6527.1公頃。是保護中亞熱帶、低緯度、低海拔緩坡常綠闊葉林，木本藥用植物種質資源，珍貴用材樹種質資源，重點保護野生動物、以原始森林生態系統為主的自然保護區，如候鳥和候鳥遷移渠道。

2003年2月11日，經福建省人民政府批準年，明溪君子峰省級自然保護區成立、明溪軍峰山省級自然保護區成立。

2004年3月8日，明溪縣君子峰、軍峰山省級自然保護區管理處實行一個機構兩塊牌子，是副科級機構；內設辦公室、經常項目基建科、資源保護科、旅游行業科技處和社會管理處；人員編制12名。

2006年5月8日，經福建省人民政府批準明溪君子峰和君子山兩個省級自然保護區被并入福建君子峰自然保護區。

2008年1月14日，經國務院批準，福建君子峰自然保護區晉升為國家級自然保護區。

2009年6月24日，國家林業局批準了福建君子峰國家級自然保護區總體規劃。7月13日，國家林業局批復福建君子峰國家級自然保護區基礎設施建設項目可行性研究報告，批復項目資金1130萬元。

2010年7月30日，福建君子峰國家級自然保護區管理局確定機構規格為相當副處級，核定副處級領導職數1名。8月25日，福建君子峰國家級自然保護區基礎設施建設項目初步設計獲批。

2012年1月8日，福建君子峰國家級自然保護區管理局黨支部成立。1月16日，福建君子峰國家級自然保護區管理局重新核定人員編制60人，其中行政人員28人，專業技術人員26人，工人6人。

福建君子峰國家級自然保護區總面積18060.5公頃，其中核心區7497.6公頃，緩沖區面積4035.8公頃，實驗面積6527.1公頃。東起下洋鄉紫云村倫坂山，沿山脊向東南850米、912米、太華山775米峰至865米峰為東界，與三明市梅列區成大鎮沙角村三元區顏倩鎮吉口村相連；南以太坊山963米高的山峰從942米高的山峰開始、紫云村和子口坊村交界處的山峰、龍筆山峰、羅厝枕峰、617米頂峰，通過生態廊道到達昌平村安龍頂峰、黃牛寨峰、白嵐溪、寒潭溪、蓋洋溪、水口電站大壩、苧畬村后山、龍坑村農田界、下坊村交界處718米高峰、峰高977米，位于肖珩村交界處、667米峰、里地小溪、茶壺坑小溪、楓溪至雷石村公路、到寧化縣交界處；西以色列和三明寧化、建寧縣以縣界為界；從北部三縣交界處，穿過1046米的高峰、1172米峰、君子峰、868米峰、李家嶺溝、泰寧縣龍安鄉和蓋陽鎮交界處的水口溪和明溪、泰寧、將樂三縣交界處503米高峰、555米峰、630米峰、蓮花山峰、廣東寨、仙水巖、經由生態走廊到達陳坊村的十字路口、福田寨水壩、724米峰、851米峰、歪邊山峰、紫云村的農田邊界止于杉板坑小溪。

主要保護對象是常綠闊葉林和黃腹雉、南方紅豆杉；君子峰省級自然保護區面積13848公頃，主要保護常綠闊葉林、南方紅豆杉。截止2007年，據科學調查，福建君子峰國家級自然保護區共有高等植物286科927屬2038種，大型真菌38科136種，微生物10目18科35屬56種，脊椎動物30目85科386種，昆蟲30目260科1645種。其中，國家一級保護植物為厚殼、銀杏、中國紅豆杉共有3種mairei，而云豹是中國一級保護動物、黃腹角雉、蟒蛇3種。

植物

建明溪是已知低海拔、大面積分布的中亞熱帶基帶常綠闊葉林唯一區域，而且群落原生性極強，保護區內植被類型有溫性針葉林、針闊葉混交林、暖性針葉林、落葉闊葉林、常綠落葉闊葉混交林、常綠闊葉林、竹林、常綠闊葉灌叢和草叢等9個植被型33個群系60個群叢。如閩楠林（分布面積3000公頃）、吊皮錐林、米櫧林、苦櫧林、細柄阿丁楓林、觀光木林都保存完好，且閩楠林有閩楠—箬竹—狗脊群叢、閩楠—九節龍—鳳丫蕨群叢、閩楠—紫金牛—鳶尾群叢等多個群落類型。常綠闊葉林是本區域的地帶性植被。

福建君子峰國家級自然保護區

閩楠林、苦櫧林、甜櫧林、米櫧林、吊皮錐林、鉤栲林、觀光木林、江南油杉林、南方紅豆杉林等保存較完好。保護區已查明維管束植物資源115目219科1692種，其中蕨類6目39科180種、裸子植物2目7科14種、被子植物107目173科1498種。被子植物中木蘭綱5目6科23種、樟綱3目3科41種、胡椒綱2目3科9種、石竹綱5目8科49種、百合綱22目35科297種、毛茛綱5目10科42種、金縷梅綱5目7科62種、薔薇綱60目116科975種。

保護區內經濟植物資源非常豐富，有藥用植物776種，食用植物102種，園林綠化植物173種、鞣料植物37種、油脂植物115種、芳香植物47種、蜜源植物119種、纖維植物84種。列入國家重點保護的野生植物有24種，其中國家一級保護區的有南方紅豆杉（Taxus wallichiana (Pilg.) Rehd. var. mairei (Lemee et Levl.) Cheng et L. K. Fu）、伯樂樹（鐘萼木）（Bretschneidera sinensis Hemsl.）及銀杏（Ginkgo biloba L.）3種，國家二級重點保護的有粗齒桫欏（Gymnosphaera hancockii）、金毛狗（Cibotium barometz）、福建柏（Fokienia hodginsii）、香榧（Torreya grandis）、鵝掌楸（Liriodendron chinensis）、樟樹（Cinnamomum camphora）、天竺桂（Cinnamomum japonicum）、閩楠（Phoebe bournei）、金蕎麥（Fagopyrum cymosum）、短萼黃連（Coptis chinensis）、半楓荷（Semiliquidambar cathayensis）、絞股藍（Gynostemma pentaphyllum）、櫸樹（Zelkova schneideriana）、傘花木（Eurycorymbus cavaleriei）、野大豆（Glycine soja）、花櫚木（Ormosia henryi）、喜樹（Camptotheca acuminata）、香果樹（Emmenopterys henryi）等21種，有花葉開唇藍、浙江金線蘭、鉤距蝦脊蘭、鐵皮石斛、細葉石仙桃等35種蘭科植物。此外還有大型真菌12目39科166種，土壤和樹體微生物11目17科68種。

動物

保護區動物資源豐富，已查明野生脊椎動物34目100科384種，其中魚類5目13科49種、兩棲類2目7科26種、爬行類3目12科63種、鳥類17目47科197種、獸類8目21科49種。列入國家重點保護的有種，其中國家一級保護的有豹（Panthera pardus）、黃腹角雉（Tragopan caboti）、白頸長尾雉（Syrmaticus ellioti）、、蟒蛇（Python molurus）、4種，國家二級保護的有獼猴（Macaca mulatta）、穿山甲（Manis pentadactyla）、豺（Cuon alpinus）、黑熊（Selenarctos thibetanus）、小靈貓（Viverricula indica ）、大靈貓（Viverra zibetha）、金貓（Felis termmincki）、鬣羚（Capricornis sumatraensis）、鴛鴦（Aix galerioulata）、游隼（Falco peregrinus）、白鷴（Lophura nycthemera）、蛇雕（Spilornis cheela）、褐翅鴉鵑（Centropus sinensis）、虎紋蛙（Rana tigrina）、花鰻鱺（Anguilla marmorta）等34種。此外，昆蟲綱有29目280科2316種，蛛形綱有4目20科96種。

君子峰保護區不僅是研究生物多樣性的理想場所，也是開展自然保護、科普教育、培訓自然保護人員的理想場所。其特定的地理位置對閩江流域的水土保持、水源涵養和氣候調節起著至關重要的作用。保護好君子峰保護區的生物多樣性，不僅有利于地方的生態環境保護和經濟建設，而且對構建福建省完整的國家級自然保護區網絡具有重要意義。?

福建君子峰國家級自然保護區自然景觀優美，有“綠海云都”之美譽的紫云仙境，是三明市高山生態“后花園”，有龍井瀑布、百丈際五級瀑布和沙溪梓口坊溫泉等，境內山巒起伏、飛瀑流泉。保護區人文景觀眾多，紫云古村聚居著楊時、羅從彥、張載等宋代理學家的后裔；有宋朝宰相文天祥題匾“顯蓋紫云”；出土的商周古陶片、古橋、古琴、古戲臺、石旗桿、演武石及水泉巖石刻，吸引著眾多專家學者前往尋秘探幽；有東方軍司令部、夏坊玉皇樓蘇維埃政府樓等紅色旅游景點；有閩西最古最大的聚龍禪寺，唐末的均峰古寺和石佛庵等宗教朝拜景點。